Balkans geografi er på alle måder meget forskellig og afvekslende

I geografisk sammenhæng er Balkan en stor og bjergrig halvø. Navnet betyder faktisk "bjergrig", og mindre end 25% af arealet ligger under 500 meters højde, men langs nordvest løber dog et flad landskab langs Sava-floden.

Ellers består landskabet i vest af udløbere fra Alperne, og her findes regionens højeste bjerg på 2.864 m. Langs Adriaterhavet ligge de Judiske Alper og de Dinariske Alper, der ofte går 2.000-2.500 m. op, og nordøst for Albanien ligger Sar Planina-bjergene med 2.753 m. En del af bjergene langs kysten er karskbjerge (kalksandsten), der typisk er 500 m høje og uden vegetation. Langs havet er der mange steder en forholdsvis smal frugtbart land-strimmel mellem bjerge og hav.

Regionen rummer mere end 300 meget forskellige men også utroligt smukke søer. Lige fra bjergsøer som Bled i nordvest til, til Plitvicer-søerne i Kroatien, Shadar (391 km²) ved Montenegro-Albanien og Ohrid (348 km²) øst for Albanien.

Floderne løber i 3 retninger, heraf 70% mod Sortehavet, 20% mod Adriaterhavet og 10% mod det ægæiske hav. Blandt de vigtigste er Donau, Drava, Sava, Morava, Tisa og Drina.

Klimatisk har regionen 3 helt forskellige klimaområder; middelhavs-, alpint- og fastlandsklima. Det alpine er i Sloveniske, Bosniske og Montenegros bjerge, medens det indre af regionen har fastlandsklima med strenge vintre og meget varme somre.

Regionen har bevaret sit oprindelige flora og fauna, der hænget tæt sammen med klima og levevilkår. Således er der både ulve, brune bjørne, lods, og havet er blandt verdens mest fiskerige og med flest forskellige arter.